私の場合
Mac OS10.9.5 Illustrator CS6 ですが、
同じ書類の中では、「デフォルトの白黒」ではなく、
直前に行ったトレース設定を引き継いでやってしまいます。
初めての画像トレースならば「デフォルトの白黒」になります。
ただし、別の書類では、前の書類の設定を引き継がず、
「デフォルトの白黒」になってしまいます。
つまり、同一書類内では、
直前に「16色変換」の画像トレースを行い、
その後でアクションを実行すると「16色変換」を行い
直前に「白黒のロゴ」の画像トレースを行うと、
その後のアクションも「白黒のロゴ」の画像トレースを行う
という状態です。
ですから、「16色変換」用のアクションと「白黒ロゴ」用のアクションを作っていても、
どちらも同じ結果（直前の画像トレース変換）になってしまいます。
これを指定する方法があれば、私も知りたいです。
それで、私の場合、アクションの途中に「中止」を挿入して、
手動で変換を調整してから、アクションを続行させています。
私の場合、調整する方が綺麗にできるので、このやり方で満足していますが、
kuro_yagi さんの場合はどうでしょうか？
数が膨大であれば、やってられないかもしれません。
回答にならなくてスミマセン。
私も知りたい質問でしたので、口を挟んでしまいました。